3d分析模块功能中的描述部分不是很理解。

以个人理解给出对您的疑问进行解答，有不对的地方环境及时更正；这里的'建模'是否就是指可视化：
建模可以有不同的理解，针对不同的数据具体分析，数值分析模型，矩阵分析模型都可以对数据进行建模；可视化只是建模后显示数据的一直方式，也可以以数值的形式进行分析。
 
地下要素可以理解为管道，
可以联系现实：地铁、地下河流水系、土壤质地、腐殖质以及一些地下矿物质、土壤微生物等都可以算为地下数据或者地下要素；
 
大气要素：个人理解还是气象学里面的知识，参考百度解释
https://baike.baidu.com/item/%E6%B0%94%E8%B1%A1%E8%A6%81%E7%B4%A0/2120880?fr=aladdin 
 
关于 “关于启用 ArcGIS 3D Analyst 扩展模块”在arcgis的功能模块有哪些，如何使用请参考：
https://desktop.arcgis.com/zh-cn/arcmap/10.5/extensions/3d-analyst/configuring-the-3d-analyst-environment.htm​ 
 
具体对数据分析在arcgis软件使用的时候有问题，可以在细致进行咨询，谢谢。